El diagnóstico de la celiaquía no es sencillo debido a la gran cantidad de síntomas que provoca y a que estos muchas veces apuntan a otras enfermedades. Sin embargo, aún cuando hay una sospecha clínica y comienzan a hacerse las pruebas para diagnosticar la celiaquía existen criterios diferentes dependiendo del profesional de la salud que nos trate. Hasta hace unos años el protocolo más extendido era el de las tres biopsias, hoy en día algunos pediatras siguen utilizándolo.

La European Society of Pediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition (ESPGHAN) estableció en 1969 este protocolo para el diagnóstico de la celiaquía de  manera rotunda y definitiva en los niños (en aquella época en la que la celiaquía era una enfermedad infantil).

Los expertos de esta sociedad establecieron tres pruebas para el diagnóstico de la celiaquía en distintos momentos de la vida de los pequeños. La primera de ellas se realizaba en el momento en el que el niño llegaba a la consulta con una sospecha clínica de celiaquía. Esta biopsia pretendía determinar si las vellosidades intestinales del pequeño estaban o no atrofiadas y en qué grado. Si la prueba era positiva, el tratamiento era el por todos conocido, dieta exenta de gluten. Y apoyando se en alimentos para corregir deficiencias de la dieta sin gluten.

Dos años después de comenzar esta dieta, con el intestino ya recuperado y sin síntomas propios de la celiaquía, se hacía la segunda biopsia. El objetivo era descubrir si el tratamiento había funcionado y las vellosidades se habían recuperado. De ser así se procedía a introducir de nuevo el gluten para comprobar si éste volvía a causar daño en el intestino siempre y cuando el niño tuviese más de seis años de edad y no estuviese en plena pubertad, ya que podría ser perjudicial en estas etapas de la vida.

Aproximadamente seis meses después de reintroducir el gluten en la dieta se procede a la tercera biopsia, la última prueba para el diagnóstico de la celiaquía cuyo objetivo es confirmar la recaída y por tanto el daño que el gluten ocasiona en el intestino del niño. El nível de lesión normalmente se mide mediante la Clasificación Marsh. No hay que precipitarse con esta tercera biopsia porque la recaída y la atrofia de las vellosidades puede tardar en producirse si se ha estado durante muchos años manteniendo una dieta sin gluten. Por lo que a veces se recomienda dejar pasar más de seis meses para realizarla.

Con los años y los avances en los métodos de diagnóstico de la celiaquía, la ESPGHAN rectificó este protocolo en el año 1990 y estableció el actual, con síntomas y serología positiva más la biopsia de confirmación y la posterior mejora con dieta sin gluten se confirmaba de manera definitiva la celiaquía. En el año 2000 se volvió sobre el asunto pero se mantuvo este nuevo protocolo, sin embargo a día de hoy a pesar de que el criterio actual es el que prevalece aún un gran número de profesionales se plantean la reintroducción del gluten pasado un tiempo. En algunas ocasiones la duda, a pesar de que las pruebas realizadas lleven a pensar en una celiaquía, se han producido falsos positivos debido a un diagnóstico muy temprano de la celiaquía, en niños de corta edad cuyo aparato digestivo aún no había madurado plenamente.

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